Всемирная ассамблея здравоохранения является высшим органом ВОЗ, принимающим решения. Ее ежегодные сессии, в работе которых принимают участие делегации из всех 193 государств-членов ВОЗ, проводятся обычно в мае в Женеве. Главной функцией Ассамблеи здравоохранения является определение общих политических направлений деятельности Организации. Ассамблея здравоохранения назначает Генерального директора, контролирует финансовую политику Организации, а также рассматривает и утверждает проект программного бюджета. Она также рассматривает доклады Исполнительного комитета и дает ему указания по тем вопросам, по которым могут требоваться дальнейшие действия, изучение, исследование или представление доклада.

Исполнительный комитет состоит из 34 членов, технически квалифицированных в области здравоохранения. Члены Комитета избираются сроком на три года. Основная сессия Комитета, на котором согласовывается повестка дня предстоящей сессии Ассамблеи здравоохранения и принимаются резолюции для представления Ассамблее здравоохранения, проводится в январе, а другая, менее продолжительная сессия, проводится в мае, сразу же после Ассамблеи здравоохранения, для рассмотрения административных вопросов. Основными функциями Комитета является проведение в жизнь решений и политики Ассамблеи здравоохранения, оказание ей консультативной помощи и общее содействие ее работе.

В состав Секретариата ВОЗ входит около 8000 специалистов в области здравоохранения и других областях, а также других сотрудников, работающих по срочным контрактам в штаб-квартире, шести региональных бюро и в странах.

Организацию возглавляет Генеральный директор, назначаемый Ассамблеей здравоохранения по представлению Исполнительного комитета.