После распада бывшей Югославии внимание и энергия Североатлантического союза были в значительной степени сосредоточены на Балканах. Для прекращения или предотвращения там конфликтов НАТО трижды прибегала к военному вмешательству - в Боснии и Герцеговине в 1995 г., в Косово в 1999 г., и в 2001 г. в бывшей югославской Республике Македонии. В настоящее время она возглавляет там две миротворческие миссии - Силы стабилизации (СФОР) в Боснии и Герцеговине и Силы для Косово (КФОР) в южном сербском крае Косово. Обе миссии ставят своей целью гарантировать обстановку безопасности, в которой все граждане, независимо от своего этнического происхождения, смогут жить в мире, и где с международной помощью может начать развиваться демократия.

Миротворцы НАТО прибыли в Боснию и Герцеговину в декабре 1995 г., а в Косово - в июне 1999 г. вместе с военнослужащими из многих государств-партнеров, в том числе из России и Украины. И в том, и другом регионах НАТО активно участвовала в различных кампаниях по содействию прекращению крупномасштабных боевых действий. В августе и сентябре 1995 г. союзники по НАТО проводили воздушные операции в Боснии и Герцеговине против войск боснийских сербов. Эти действия помогли изменить соотношение сил между участниками боевых действий и вынудили руководство боснийских сербов принять условия мирного урегулирования, переговоры о котором проходили в городе Дейтон, штат Огайо (США).

Мандатом ООН для СФОР предусматривается не только поддержание мира в Боснии и Герцеговине, но также, при необходимости, принуждение к миру. По мере улучшения положения в области безопасности проводилось сокращение воинских контингентов в Боснии и Герцеговине. Одновременно с этим изменялся и характер стоящих перед ними задач. В настоящее время СФОР помогают беженцам и перемещенным лицам вернуться домой, разыскивают лиц, подозреваемых в совершении военных преступлений, для привлечения их к суду. СФОР также содействуют реформам в боснийских вооруженных силах, которые были разделены после окончания боевых действий на три армии по этническому принципу (боснийских мусульман, хорватскую и сербскую) в целях предотвращения возобновления конфликта в будущем.

Военное вмешательство в Косово началось после длившейся больше года эскалации насилия, роста опасности расширения конфликта в масштабах всего региона и неоднократных нарушений Белградом резолюций Совета Безопасности ООН, призывавших к окончанию притеснений албанского населения Косово. В марте 1999 г. Североатлантический союз принял решение начать воздушную кампанию против военных и военизированных структур югославского правительства, ответственных за эти притеснения.

Такое решение было принято после того, как были испробованы все другие варианты, и вновь не удалось мирными переговорами преодолеть непримиримость Белграда. Столкнувшись с неспособностью Совета Безопасности ООН принять меры по обеспечению соблюдения своих резолюций в связи с этим конфликтом, страны НАТО пришли к выводу о том, что единственным имеющимся у них вариантом было прибегнуть к военным средствам для прекращения гуманитарной катастрофы и восстановления стабильности в регионе. Воздушная кампания продолжалась 78 дней.

Несмотря на острые политические дискуссии по вопросу военного вмешательства Североатлантического союза, этих действия позволили создать важнейшие условия, необходимые для начала работы по восстановлению. Они положили конец военным действиям участников конфликта; позволили вывести из Косово части югославской армии, сербские полицейские и военизированные формирования; достичь соглашения о безоговорочном и безопасном возвращении беженцев и перемещенных лиц; получить заверения всех сторон в стремлении к заключению политического соглашения по Косово.

Мандат КФОР проистекает из военно-технического соглашения, подписанного НАТО и командованием югославской армии в июне 1999 г., и принятой тогда же резолюции 1244 Совета Безопасности ООН. Перед КФОР поставлена задача предотвратить возобновление боевых действий, создать обстановку безопасности и провести демилитаризацию Освободительной армии Косово. В дополнение к этому силы под руководством НАТО оказывают поддержку международным гуманитарным усилиям и сотрудничают с международным гражданским присутствием - Временной административной миссией ООН в Косово (МООНК) - с целью создания стабильной обстановки для будущего развития края.

В бывшей югославской Республике Македонии НАТО откликнулась на просьбу президента этой страны разоружить группы этнических албанцев, чьи действия угрожали безопасности и стабильности страны. Это вмешательство последовало за политическим урегулированием, достигнутым между представителями общины этнических албанцев страны и правительством, где в качестве посредников выступали специальные представители различных международных организаций, в том числе НАТО, а также США. В ходе этой операции, продолжавшейся тридцать дней с участием приблизительно 3500 военнослужащих НАТО, было собрано около 4000 единиц оружия. Эти действия и присутствие небольшого воинского контингента НАТО после их завершения помогли предотвратить гражданский конфликт и подготовили почву для примирения в стране и начала ее восстановления. По просьбе Скопье военнослужащие НАТО оставались в бывшей югославской Республике Македонии* до конца марта 2003 г., обеспечивая защиту наблюдателям из Европейского союза и Организации по безопасности и сотрудничеству в Европе, после чего эту миссию принял на себя Европейский союз.