С нач. 2000-х некоторые страны-участницы выдвигали предложения о реформировании Содружества Независимых Государств. 16 сентября 2004 Совет глав государств принял принципиальное решение о необходимости реформы органов СНГ. Эта тема обсуждалась на встречах представителей министерств иностранных дел государств-членов и экспертных совещаниях, а в августе 2005 была рассмотрена на заседаниях Совета министров иностранных дел. Разработанные предложения были положены в основу проекта документа, представленного участникам заседания СГГ (г.Казань, 26 августа 2005).

Совершенствование и реформирование органов СНГ направлено на осуществление мер по дальнейшей активизации деятельности органов Содружества и укрепления интеграционных процессов. В области экономического сотрудничества предусматривается повышение ответственности Экономического совета и Комиссии по экономическим вопросам за осуществление соответствующих решений, расширение функций Межгосударственного статистического комитета, придание Совету постоянных представителей государств-участников при органах СНГ статуса органа Содружества, изучение способов повышения эффективности работы Экономического суда.

В сфере военного сотрудничества решено упразднить Штаб по координации и передать его функции Секретариату Совета министров обороны, сократить Координационную службу Совета командующих пограничными войсками на 10% и активизировать взаимодействие в рамках Координационного совещания руководителей силовых ведомств стран СНГ (включает Координационный совет генеральных прокуроров, Совет министров внутренних дел, Совет руководителей органов безопасности и специальных служб, Совет командующих пограничными войсками, Координационный совет руководителей органов налоговых (финансовых) расследований, Совет руководителей таможенных служб с участием руководителей министерств иностранных дел).

Продолжается подготовка реформ в исполнительном аппарате СНГ: оптимизация структуры и деятельности Исполнительного комитета (эти решения должны принять Совет министров иностранных дел и Совет постоянных полномочных представителей государств-членов) и инвентаризация органов отраслевого сотрудничества (Исполнительный комитет и Совет представителей должны представить рекомендации на рассмотрение Советов глав государств и правительств). Образован Совет министров юстиции государств СНГ и утверждены положение о нем и о Межгосударственном совете руководителей высших органов финансового контроля государств-участников СНГ.

СГГ продолжает инвентаризацию договорно-правовой базы Содружества. Исполнительному комитету и Совету представителей поручено проанализировать методы принятия решений в органах СНГ, исходя из практики международных организаций. Исполнительный комитет и Совет представителей должны также подготовить предложения об улучшении работы Миссии наблюдателей СНГ на выборах и референдумах и рассмотреть дополнительные предложения государств о совершенствовании сотрудничества в рамках СНГ, касающиеся в т.ч. вопросов концептуального характера, финансирования и т.д. Россия предложила создать в Содружестве «группу высокого уровня» с участием лиц, пользующихся авторитетом в государствах-членах (по образцу «группы мудрецов» ООН). 2006 объявлен «годом СНГ».

Участники встречи в Казани (август 2005) одобрили Концепцию согласованной пограничной политики, Протокол об утверждении Положения об организации взаимодействия пограничных и других ведомств государств-участников в оказании помощи при возникновении и урегулировании/ликвидации кризисных ситуаций на внешних границах, Программу сотрудничества в противодействии незаконной миграции на 2006–2008 и Программу сотрудничества в борьбе с терроризмом и иными насильственными проявлениями экстремизма на 2005–2007. Внесенные Украиной предложения, касающиеся сотрудничества в области пенсионного обеспечения, международно-правового закрепления государственных границ стран СНГ, создания транспортных и энергетических коридоров и ряда других вопросов, были переданы на рассмотрение в Исполнительный комитет и Экономический совет Содружества.