Первоначальное соглашение о создании СНГ было подписано в Беловежской пуще 8 декабря 1991 председателем Верховного совета Беларуси Станиславом Шушкевичем, президентом РФ Борисом Ельциным и президентом Украины Леонидом Кравчуком. Они объявили о прекращении организованных президентом Советского Союза Михаилом Горбачевым переговоров по заключению нового союзного договора, который был призван реформировать СССР. Горбачев назвал беловежское соглашение неконституционным и заявил, что распустить Советский Союз имеет право только Съезд народных депутатов. Тем не менее, 10 декабря решение о создании СНГ было ратифицировано Верховной радой Украины и Верховным советом Белоруссии, а 12 декабря – Верховным советом РФ. Договор 1922 о создании СССР был объявлен расторгнутым. 13 декабря, после двухдневных переговоров в г.Ашхабад (столица Туркмении), главы государств Казахстана, Киргизии, Таджикистана, Туркменистана и Узбекистана заявили о своем желании присоединиться к создаваемому Содружеству, аналогичные намерения выразили Азербайджан и Армения. 17 декабря Горбачев и Ельцин достигли договоренности о роспуске СССР. 21 декабря 1991 в г.Алма-Ата состоялась встреча лидеров 11-ти бывших республик СССР; Грузия направила на нее своих наблюдателей. Участники встречи окончательно подтвердили прекращение существования СССР. Они приняли Алма-Атинскую декларацию, подтвердив взаимное признание суверенитета и нерушимости границ, а также намерение осуществления всестороннего сотрудничества и выполнения международных обязательств бывшего СССР. Содружество было объявлено открытым как для бывших республик Советского Союза, так и для других государств, согласных с его принципами и целями. Постоянное место СССР в Совете безопасности ООН было признано за Россией.

Участники встречи договорились создать координирующие органы (Советы глав государств и глав правительств), сохранить общее командование военно-стратегическими силами и общий контроль над ядерным оружием. Четыре республики, имевшие на своей территории ядерное оружие (Белоруссия, Казахстан, Россия и Украина) договорились соблюдать и ратифицировать заключенный СССР договор СНВ (договор о сокращении и ограничении стратегических наступательных вооружений, подписан между СССР и США в Москве 31 июля 1991); Белоруссия, Казахстан и Украина согласились доставить свое тактическое ядерное оружие в Россию для уничтожения под совместным контролем.

До 26 декабря 1991 Алма-Атинские соглашения были ратифицированы парламентами Белоруссии, Казахстана, России, Украины, Таджикистана и Туркменистана. Грузия к Содружеству не присоединилась.

Первая встреча глав 11-ти государств СНГ состоялась 30 декабря 1991 в Минске. В ходе ее было подписано соглашение, признававшее необходимость Объединенного командования стратегическими ядерными силами и совместного контроля над оружием массового уничтожения, находившегося на вооружении бывшего СССР. В отношении обычных вооружений государства СНГ признали принцип создания национальных армий в бывших советских республиках, подчиненных верховному командованию СНГ. Вопрос о создании вооруженных сил СНГ обсуждался и на второй встрече глав государств, которая состоялась 16 января 1992 в Москве. На третьей встрече (г.Минск, 14 февраля 1992) лидеры 8-и государств-членов договорились в принципе о сохранении единого командования вооруженными силами в течение двух лет. Однако по этому вопросу между странами Сообщества сохранялись разногласия. На четвертой встрече в верхах, состоявшейся в Киеве 20 марта 1992, было достигнуто соглашение о разделении полномочий в военных вопросах. В соответствии с ними, вооруженные силы СНГ должны были включать в свой состав стратегические силы и силы совместного назначения (миротворческие силы по образцу «голубых касок» ООН). Это решение было признано только Арменией, Беларусью, Казахстаном, Киргизией, Россией, Таджикистаном и Узбекистаном. В мае 1992 на пятой встрече в Ташкенте главы государств Армении, Казахстана, России, Таджикистана, Туркменистана и Узбекистана подписали пакт о коллективной безопасности (военной взаимопомощи) и в принципе договорились о совместном пограничном контроле. В июле того же года было принято решение о посылке миротворческих сил в «горячие точки» на территории СНГ; Азербайджан с этим решением не согласился.

Острые споры между Россией и Украиной по проблемам раздела Черноморского флота бывшего СССР и общего командования стратегическими вооружениями были урегулированы после достижения соответствующего соглашениями между президентами России и Украины (июнь 1992).

Разногласия между государствами СНГ существовали и по ряду других вопросов. В марте 1992 председатели парламентов государств-членов обсуждали создание парламентского собрания Содружества, в задачи которого должны были входить обсуждение и принятие законов межреспубликанского характера. Делегации Азербайджана, Молдовы, Украины и Туркменистана не подписали соглашение по этому вопросу. Сохранялись различия во взглядах на экономическое сотрудничество, в т.ч. относительно сохранения рублевой зоны. На шестой встрече в верхах (г.Москва, август 1992) президент Украины Кравчук отказался присоединиться к подписанным соглашениям о создании совместного экономического суда и общей системы противоракетной обороны. Было заключено соглашение о выходе ряда бывших республик из рублевой зоны. Страны, выразившие желание сохранить рубль в качестве валюты (Россия, Армения, Беларусь, Казахстан, Киргизия, Молдова и Узбекистан), договорились о проведении общей валютно-денежной политики под руководством российского Центробанка. Решено было также направлять миротворческие силы СНГ в зоны конфликтов на территории бывшего Советского Союза. В октябре 1992 на седьмой встрече лидеров государств, проходившей в г.Бишкек, было принято решение направить миротворческие силы СНГ в Таджикистан, где шла гражданская война. Договориться об образовании центрального Совета экономического сотрудничества не удалось, было только принято решение создать совещательный комитет по экономическим вопросам. Главы государств Армении, Беларуси, Казахстана, Киргизии, Молдовы, России и Узбекистана подписали соглашение о сохранении рубля в качестве валюты и принципе создания общего Центробанка. Парламент Азербайджана, где к власти пришел оппозиционный «Народный фронт», отказался ратифицировать договор о создании СНГ, и делегация этой страны участвовала во встрече в статусе наблюдателя.

Принятие Устава СНГ в ходе восьмой встречи в верхах (г.Минск, 22 января 1993) снова сопровождалось спорами. Документ поддержали лидеры 7-ти государств (Армении, Казахстана, Киргизии, России, Таджикистана, Узбекистана и Беларуси); главы Молдовы, Украины и Туркменистана отклонили его, считая отведенные координационным органам Содружества полномочия чрезмерными. В марте 1993 министры обороны 6-ти стран достигли договоренность об укреплении военного сотрудничества, тем не менее, план по созданию общих вооруженных сил не был согласован (Россия сочла его слишком дорогостоящим). В июне 1993 принято решение упразднить пост главнокомандующего вооруженными силами Содружества и образовать Объединенный штаб для координации сотрудничества в военной области.

На 9-й встрече в верхах (Москва, май 1993) главы 9-ти государств одобрили предложение президентов Казахстана и России о создании в будущем экономического союза по образцу Евросоюза. Против этого выступил президент Туркменистана С.А.Ниязов, настаивавший на сотрудничестве на основе двусторонних договоров. В августе того же года президенты России (Б.Н.Ельцин), Казахстана (Н.А.Назарбаев) и Узбекистана (И.А.Каримов) подписали в Москве соглашение, в котором предусматривалось образование экономического и валютного союза, открытого для присоединения других государств. Предполагалось сохранить рубль в качестве общей валюты; идею создания рублевой зоны поддержала Армения. Тем не менее, это соглашение не было реализовано, в ноябре Казахстан, Узбекистан и Армения ввели собственные валюты.

К концу 1993 в составе СНГ сформировались две неофициальные группы государств. Одна из них (Армения, Беларусь, Казахстан, Киргизия, Россия, Таджикистан и Узбекистан) выступала за большую координацию и расширение сотрудничества в области внешней политики, обороны, валютной политики, экономики и транспорта). Другая (Туркменистан и Украина) выказывала интерес к ограниченному сотрудничеству, делая упор на защите своих национальных интересов. Положение усугублялось острыми конфликтами в ряде государств СНГ (гражданская война в Таджикистане, конфликт в Приднестровье и армяно-азербайджанская война). К тому же, среднеазиатские государства были заинтересованы, в первую очередь, в более тесном сотрудничестве друг с другом и в развитии отношений с соседними мусульманскими странами – Ираном, Пакистаном и Турцией. С приходом к власти в Азербайджане в 1993 Гейдара Алиева эта страна вернулась в состав СНГ. Глава государства Грузия Э.А.Шеварднадзе начал проводить политику сближения с Содружеством, и в декабре того же года Грузия стала его членом. На очередной встрече глав государств и правительств (Москва, сентябрь 1993) премьер-министры Армении, Азербайджана, Беларуси, Казахстана, Киргизии, Молдовы, России, Таджикистана и Узбекистана подписали соглашение о создании экономического союза, к которому присоединилась также Грузия. Туркменистан стал ассоциированным членом союза в декабре 1993, а Украина – в апреле 1994. Участники союза высказались за формирование общего экономического пространства, основанного на свободном перемещении товаров, услуг, рабочей силы и капиталов, на выработке согласованной денежно-кредитной, налоговой, ценовой, таможенной и внешнеэкономической политики, на сближении методов регулирования хозяйственной деятельности и создания благоприятных условий для развития прямых производственных связей. В апреле 1994 Молдова ратифицировала договор об СНГ, официально став, таким образом, его полноправным членом. При этом она заявила, что по-прежнему не намерена принимать участие в согласовании внешнеполитической деятельности и политики в области миграции (эти оговорки были сняты Молдовой в октябре 2002). В апреле 1994 на очередной встрече в верхах в Москве был подписан ряд экономических соглашений и продлен мандат миротворческих сил СНГ в Таджикистане, а в октябре того же года принята конвенция о защите прав этнических меньшинств.

Постепенно оформлялись институты Содружества. Обязанности исполнительного секретаря СНГ были возложены в 1993 на Ивана Короченю. На встрече в верхах в Ашхабаде (декабрь 1993) был учрежден пост председателя Совета глав государств СНГ, первым председателем стал президент РФ Ельцин. В феврале 1994 председатель Совета Федерации России Владимир Шумейко занял пост председателя Межпарламентской ассамблеи СНГ. В октябре 1994 на встрече глав государств, правительств, министров иностранных дел и обороны была образована межгосударственная комиссия по экономическим вопросам со штаб-квартирой в Москве. В феврале 1995 президенты стран СНГ одобрили в Алма-Ате меморандум о поддержании мира и стабильности; государства Содружества обязались воздерживаться от оказания политического, экономического или иного давления друг на друга. В мае 1995 главы государств СНГ подписали в Минске соглашение о создании межгосударственного комитета по валютно-финансовым вопросам, призванного координировать финансовую и кредитную политику СНГ.

Наибольшие трудности возникали с согласованием вопросов военной политики Содружества. Участники встречи в верхах, состоявшейся в мае 1995, продлили мандат миротворческих сил СНГ в Таджикистане и Абхазии. Однако ряд государств (Азербайджан, Молдова, Туркмения, Узбекистан и Украина) отказались присоединиться к соглашению о совместной охране внешних границ и к общей конвенции о правах человека.

Беларусь, Казахстан и Россия договорились о создании таможенного союза, тем не менее, на очередной встрече глав государств и правительств в Минске (январь 1996) не удалось добиться его расширения (в марте того же года к нему присоединилась только Киргизия). Лидеры стран СНГ продлили мандат миротворческих сил в Таджикистане и достигли договоренности о совместной системе ПВО. Украина отказалась участвовать в ее создании. В мае 1996 на встрече в Москве главы правительств одобрили план интеграции на 1996–1997 и совместную программу борьбы с экономической и организованной преступностью. В марте 1997 на встрече президентов 12-ти стран СНГ было согласовано образование комиссии по урегулированию региональных конфликтов.

Выступая на встрече СНГ в верхах в октябре 1997 в Кишиневе, президент России Ельцин заявил, что Содружество работает неэффективно, а многие договоренности не выполняются (к примеру, договоренности о создании Центробанка, об экономическом сообществе центрально-азиатских республик, об экономическом союзе, об общем экономическом пространстве и др.). Он потребовал реорганизации СНГ. На очередной встрече лидеров государств в апреле 1998 в Москве был назначен новый исполнительный секретарь Содружества – Борис Березовский (представитель России). Но уже в марте 1999 он был смещен «за деятельность, несовместимую с должностью». В апреле 1999 главы стран СНГ утвердили исполнительным секретарем СНГ Юрия Ярова (РФ).

Разногласия в Содружестве сохранялись и в кон. 1990-х. На апрельской 1999 встрече президентов не удалось договориться о продлении подписанного в мае 1992 договора о коллективной безопасности (к нему не присоединились Молдова, Туркменистан и Украина). Срок действия договора истекал 20 апреля 1999. Армения, Беларусь, Казахстан, Киргизия, Россия и Таджикистан подписали протокол, возобновляющий договор на следующие пять лет. Азербайджан, Грузия и Узбекистан продлить его отказались.

Государства СНГ, бывшие сторонниками более тесного сближения, продолжали стремиться к дальнейшему взаимодействию. 29 марта 1996 президенты Беларуси, России, Казахстана и Киргизии подписали в Москве договор об углублении интеграции в экономической и гуманитарной областях. Он был направлен на создание более тесного объединения («Сообщества интегрированных государств»), расширение сотрудничества в экономике, науке, культуре и социальной сфере при сохранении суверенитета сторон. Предусматривалось создание механизмов координации внешней политики, общей системы безопасности и безопасности границ, а также создание межгосударственного совета (во главе с президентом Беларуси Александром Лукашенко) и паритетного межпарламентского комитета. 2 апреля 1996 президенты Белоруссии и России подписали в Москве договор о создании Содружества суверенных республик. Согласно этому документу, оба государства обязались тесно сотрудничать в области внешней политики, экономики и военных вопросах, планировалось создание совместных органов: Совета (с участием глав государств, правительств и парламентов) и паритетного Парламентского собрания. 2 апреля 1997 был подписан договор о союзе России и Белоруссии. В феврале 1999 президенты Беларуси, Казахстана, Киргизии, России и Таджикистана одобрили создание общего экономического пространства; Таджикистан присоединился к таможенному союзу.

После отставки Ельцина председателем Совета глав государств СНГ в январе 2000 избран новый президент России Владимир Путин. В нач. 2000 министры иностранных дел договорились о выводе миротворческих соединений из Таджикистана в связи с урегулированием ситуации в стране, а также о продлении мандата миротворческих сил в Абхазии. В июне 2000 президенты стран СНГ приняли заявление, в котором содержался отказ от пересмотра советско-американского соглашения о ПРО 1972. Было решено также создать в Москве совместный Антитеррористический центр для борьбы с организованной преступностью и религиозным фундаментализмом.

В нач. 2000-х в СНГ фактически сложились два лагеря. С одной стороны, сторонники усиления интеграции (Беларусь, Казахстан, Киргизия, Россия и Таджикистан) в октябре 2000 преобразовали таможенный союз в Евразийское экономическое сообщество (в качестве наблюдателей к нему присоединились Армения, Молдова и Украина). В октябре 2005 о намерении вступить в сообщество заявил также Узбекистан. В 2002 Армения, Беларусь, Казахстан, Киргизия, Россия и Таджикистан подписали соглашение о создании Организации договора о коллективной безопасности. В феврале 2003 президенты Беларуси, Казахстана, России и Украины достигли на встрече в Ново-Огареве договоренности об образовании Единого экономического пространства (ЕЭП). Координирующим органом ЕЭП должна была стать межгосударственная комиссия по торговле и тарифам, не подчиненная правительствам государств-участников. ЕЭП объявлялось открытым для присоединения к нему других стран. Допускалась возможность введения в будущем единой валюты.

В январе 2003 председателем Совета глав государств СНГ был избран президент Украины Леонид Кучма. Влияние приверженцев укрепления СНГ сказалось в сентябре 2003 на встрече в верхах в Ялте. Лидеры Беларуси, Казахстана, России и Украины утвердили образование ЕЭП. По предложению министров иностранных дел СНГ были одобрены заявления об основных принципах экономического сотрудничества, решения о создании совместной комиссии по взаимодействию в борьбе с незаконной иммиграцией, о продлении срока полномочий руководителя Антитеррористического центра СНГ и командующего Коллективными силами СНГ по поддержанию мира в Абхазии. В июне 2004 исполнительным секретарем СНГ стал представитель России Владимир Рушайло. В сентябре того же года на встрече в верхах в Астане новым председателем Совета глав государств СНГ был избран Путин.

С другой стороны, наметилось сближение между государствами, которые не желали интеграции с участием России. В октябре 1997 Азербайджан, Грузия, Молдова и Украина образовали собственную группу для усиления взаимодействия в сфере торговли, экономики и транспортных сообщений, а также укрепления региональной безопасности. В апреле 1999 к ней присоединился Узбекистан; организация получила название ГУУАМ (по первым буквам названий стран-участниц). В нач. 2000-х страны-участницы приняли ряд мер с тем, чтобы оживить ее деятельность, сделав упор, прежде всего, на торговле каспийской нефтью и другими ресурсами на западных рынках. В 2002 они объявили о создании зоны свободной торговли. Но расхождения между странами-участницами ГУУАМ делали формирующийся союз неустойчивым. Участие Узбекистана не было активным, а Украина, заинтересованная в поставках российского газа, одновременно искала взаимопонимания с Евразийским экономическим сообществом.

Деятельность ГУУАМ активизировалась после того, как в 2003–2004 произошла смена власти в Грузии и на Украине (т.н. «цветные революции»). Политика новых президентов Грузии (Михаила Саакашвили) и Украины (Виктора Ющенко) была ориентирована на присоединение своих государств к НАТО и на сотрудничество с ЕС. Представители ряда стран ГУУАМ выступили с заявлениями, в которых выражались сомнения в отношении потенциала и будущей роли СНГ. Так, в сентябре 2003 президент Молдовы Владимир Воронин выразил недовольство созданием ЕЭП, якобы наносящим ущерб СНГ. В ноябре 2004 министр обороны Грузии Г.Барамидзе заявил, что СНГ – это «вчерашний день». В феврале 2006 Грузия официально вышла из Совета министров обороны СНГ, мотивировав это намерением вступить в НАТО. В апреле 2005 министр экономики Украины заявил, что на дальнейшее развитие СНГ проблематично, и его страна может сократить взносы в бюджет Содружества. Напротив, антиправительственное восстание в Узбекистане весной 2005 и осуждение странами Запада мер по подавлению мятежа способствовали выходу Узбекистана из ГУУАМ. Туркменистан в августе 2005 перешел от полного к ассоциированному членству в СНГ.