Деятельность органов СНГ и осуществление совместных программ финансируется странами Содружества на основе долевого участия государств-членов. Расходы устанавливаются в соответствии со специальными соглашениями о бюджетах органов СНГ. Бюджеты утверждаются Советом глав государств по представлению Совета глав правительств государств-участников. Совет глав правительств определяет порядок рассмотрения вопросов финансово-хозяйственной деятельности органов Содружества. Расходы, связанные с участием в работе совещаний и органов СНГ представителей отдельных государств-членов, экспертов и консультантов, несут сами эти государства.

При создании исполнительных органов СНГ в 1993 страны-участницы договорились оплачивать свою долю расходов, исходя из возможностей национального бюджета. Так, в 2004 взносы государств в единый бюджет органов СНГ были запланированы в сумме 251 670,2 тыс. российских рублей. Взносы отдельных стран составили (в тыс. руб.): Россия – 112 139,8 (44,6%), Украина – 25 534 (10,1%), Казахстан – 16 471,2 (6,5%), Беларусь – 16 360,3 (6,5%), Узбекистан – 13 472 (5,4%), Армения – 12 346,8 (4,9%), Киргизия – 12 264,3 (4,9%), Таджикистан – 12196,7 (4,8%), Грузия – 9164,7 (3,6%), Молдова – 9133,4 (3,6%), Азербайджан – 8240,4 (3,3%), Туркменистан – 4346,6 (1,7%). Взносы подлежали ежемесячному перечислению. Внесенные суммы предназначались на содержание органов Содружества и проведение заседаний Советов глав государств, глав правительств, министров иностранных дел и Экономического совета СНГ. Согласно утвержденному проекту бюджета, на деятельность органов СНГ из 251 670,2 тыс. руб. расходов выделялось 137 025,6 тыс. руб. (54,4%), из них на деятельность Исполнительного комитета СНГ – 116 530,8 тыс. руб., Межгосударственного статистического комитета СНГ – 20 494,8 тыс. руб. На деятельность Экономического суда СНГ (разрешение споров, возникающих в сфере экономических отношений государств-участников) выделялось 20 532,7 тыс. руб. (8,2%). На международную деятельность (поддержка и развитие контактов с международными организациями в экономической, военно-политической, миротворческой, социальной и других областях) – 1333,6 тыс. руб. (0,5%). На сотрудничество в сфере правоохранительной деятельности и безопасности было выделено 62 347,2 тыс. руб. (24,8%), из них на деятельность Бюро по координации борьбы с организованной преступностью и другими видами преступлений на территории государств-членов – 18 305 тыс. руб., на деятельность Антитеррористического центра СНГ – 27 005,9 тыс. руб., на Координационную службу Совета командующих пограничными войсками – 17 036,3 тыс. руб. На военное сотрудничество государств СНГ была выделена сумма в размере 30 431,1 руб. (12,1%), включая 28 470 тыс. руб. на деятельность Штаба по координации военного сотрудничества и 1961,1 тыс. руб. на работу Межгосударственного координационного центра по увековечению памяти защитников Отечества. Расходы на деятельность Временной оперативной рабочей группы по урегулированию конфликта в Абхазии в бюджет СНГ включены не были.

Исполнительный комитет СНГ имеет право в ходе исполнения бюджета вносить изменения в функциональную, ведомственную и экономическую структуру расходов.

Неполное перечисление государствами-членами Содружества долевых взносов в бюджет СНГ (задолженность за 2001–2002 составляла 115,6 млн. руб.), как указывалось в документах на встрече в верхах глав государств СНГ в Ялте (2003), «поставило все органы Содружества в тяжелейшее финансовое положение и привело к невозможности их нормального функционирования и выполнения в полном объеме возложенных на них задач». Участники встречи признали целесообразным разрешить Исполнительному комитету создание стабилизационного фонда бюджета СНГ (за счет полученных в погашение задолженности средств, процентов, реализуемых имущества и ценностей и т.д.).

На встрече в верхах в г.Астана (сентябрь 2004) бюджет СНГ на 2005 был запланирован в объеме 296 510,7 тыс. руб. Взносы (в процентном соотношении) распределялись между странами следующим образом: Россия – 44,5, Украина – 10,6, Казахстан – 6,5, Беларусь – 6,4, Узбекистан – 5,5, Армения – 4,7, Киргизия – 4,7, Таджикистан – 4,7, Грузия – 3,7, Молдова – 3,6, Азербайджан – 3,3 и Туркменистан – 1,8. Однако на встрече глав правительств стран СНГ (г.Тбилиси, июнь 2005) большинство стран призвали пересмотреть порядок финансирования. В частности, выдвигалась идея установления нормы финансирования в зависимости от размера ВВП каждой из стран. Вопрос о принципах будущего финансирования будет решаться в рамках запланированной реформы СНГ и его институтов.