«Фактор НАТО» стал основной проблемой во взаимоотношениях России с Западом в сфере европейской безопасности. В самой России рядом экспертов на протяжении большей части 1990-х годов высказывалось мнение о «позитивном» характере процесса внутренней трансформации НАТО.

Вскоре стало очевидно, что идея построения панъевропейской системы безопасности нереалистична, а интересы России, не вовлеченной ни в одну из двух основных европейских организаций (НАТО и ЕС), при решении вопросов европейской безопасности либо учитываются в минимальной степени, либо не учитываются вовсе, направленность как внешней, так и внутренней трансформации Североатлантического альянса не могла не приобретать угрожающего характера для России.

Одна из проблем сотрудничества России и НАТО в регионе заключалась в налаживании взаимодействия в области «кризисного реагирования» и миротворческой деятельности, что ставило во главу угла проблему командования российским контингентом. В случае острых политических разногласий между Россией и странами НАТО вопрос об обеспечении единства военного командования в рамках операции и о политическом контроле над российским контингентом оставался открытым.

27 мая 1997 г. в Париже Россия подписала с альянсом Основополагающий акт о взаимоотношениях, сотрудничестве и безопасности с целью ограничить ущерб от первой волны расширения НАТО.

В условиях разрыва отношений с НАТО решение об участии российского миротворческого контингента в операции НАТО в составе Сил международного присутствия по безопасности в Косово (СДК) вызвало далеко не однозначную реакцию как в российском обществе, так и среди специалистов, выдвигавших три основных контраргумента.

1) Отсутствие ясности в вопросе о том, насколько такое участие соответствует интересам национальной безопасности России.

2) Отсутствие отдельного российского сектора в Косово.

3) Сложности с финансированием российского контингента в Косово.

Лишь к осени 1999 г. отношения России с НАТО вернулись на уровень, предшествовавший заключению Основополагающего акта между ними, когда фактический бойкот Россией ПРМ сопровождался ее практическим участием в СВС НАТО в Боснии.

Однако разногласия между Россией и НАТО сохраняются, напряженность в Косово не спадает. Россия по-прежнему располагает весьма ограниченными возможностями влиять на ситуацию в Косово.