Целями деятельности МПА являются правовое обеспечение функционирования Евразийского экономического сообщества, гармонизация (сближение, унификация) законодательств государств – членов Сообщества и приведение его в соответствие с договорами, заключенными в рамках ЕврАзЭС.
Основными задачами Межпарламентской Ассамблеи являются формирование согласованной правовой политики ЕврАзЭС; координация законотворческой деятельности национальных парламентов, обеспечивающей реализацию целей и задач ЕврАзЭС; создание организационно-правовых условий для приведения законодательств государств - членов Сообщества в соответствие с договорами, заключенными в рамках ЕврАзЭС; организация межпарламентского сотрудничества. Ассамблея формируется из парламентариев, делегируемых парламентами государств Сообщества. Численность парламентских делегаций составляет: Республика Беларусь – 16 парламентариев; Республика Казахстан – 16; Кыргызская Республика – 8; Российская Федерация - 42; Республика Таджикистан – 8; Республика Узбекистан - 16.
Председатель Межпарламентской Ассамблеи избирается на заседании Ассамблеи из числа руководителей парламентов (палат парламентов), как правило, на два года на ротационной основе. Ассамблея проводит свои заседания один раз в год.
Бюро Межпарламентской Ассамблеи формируется Ассамблеей из парламентариев, делегируемых национальными парламентами (по два от каждого парламента), в число которых входит Председатель и заместители Председателя Ассамблеи.
Ассамблея образует постоянные и временные комиссии, которые состоят из членов МПА.
Постоянно действующим исполнительным органом Межпарламентской Ассамблеи и Бюро МПА, обеспечивающим их деятельность, является Секретариат МПА ЕврАзЭС.
В целях выполнения своих основных задач Ассамблея разрабатывает для государств – членов ЕврАзЭС нормативные-правовые акты.